Il Fondatore ufficiale del Karate Shotokan è il Maestro Gichin Funakoshi, nato a Okinawa nel 1868 e deceduto a Tokyo nel 1957. Nella maggior parte dei Dojo italiani si è soliti affermare che il fondatore del Karate moderno è Gichin Funakoshi. In realtà, egli fu il maggiore divulgatore del Karate nel Giappone Centrale e, quindi, colui che più di tutti si adoperò per "fare uscire" il Karate dalla piccola realtà di Okinawa.
La formazione marziale di Funakoshi avvenne alla sequela di sei Maestri. Il suo primo insegnante fu il nobile ed austero Anko Azato (1827-1906), un eccellente schermidore, guerriero nell'antico significato del termine, calligrafo e politico. Il giovane Funakoshi venne presentato ed accolto da Azato grazie alle insistenze di Gifuku Funakoshi, il nonno paterno: Gichin aveva allora dodici anni. Gifuku prima e Azato poi furono anche responsabili della formazione letteraria di Gichin: infatti lo aiutarono a divenire un esperto calligrafo, dotato di vasta cultura. Azato divenne presto noto per la richiesta di ripetere ossessivamente un solo Kata, allo scopo di testare la resistenza alla fatica e l'umiltà dell'allievo. Da lui proviene il motto: Ito kata san men, "Un Kata ogni tre anni".
Il secondo Maestro di Gichin fu Anko Itosu (1830-1915), un grande specialista di Kata e noto sperimentatore di nuovi metodi didattici che gli venne presentato dallo stesso Azato. Spetta ad Itosu il merito di avere "modernizzato" la pratica del Karate e di averla inserita, grazie ai suoi migliori allievi, nella scuola pubblica. Azato ed Itosu furono gli esperti che, più degli altri, influirono maggiormente su Funakoshi. Oltre al nome in comune, entrambi erano stati allievi del noto Sokon Matsumura (1809-1899) ed erano grandi amici.
Matsumura Nabe (circa 1850-1930), nipote del bushi Sokon Matsumura e continuatore dello stile ortodosso di famiglia (Matsumura seito-ryu), insieme a Kiyuna, anch'esso allievo di Sokon Matsumura e del quale si possiedono poche notizie, furono gli altri insegnanti di Funakoshi in ambito dello stile di Shuri.
Per completare il suo apprendistato, nell'intenzione di raccogliere in una singola scuola tutti i princìpi raccolti nei Kata di Karate, il maturo Funakoshi chiese ed ottenne l'insegnamento del Naha-te da Seisho Aragaki (anche noto come Niigaki sensei, 1840-1920) e da Kanryo Higaonna (anche noto come Toono sensei, 1851,1915), fondatore dello stile Shorei e maestro di Chojun Miyagi, a sua volta fondatore dello stile Goju.
Dopo l'inserimento del Tode nella scuola pubblica (1905), l'anno seguente iniziarono le prime dimostrazioni pubbliche sul suolo di Okinawa, eseguite da gruppi guidati da Gichin Funakoshi, Kenwa Mabuni (1889-1952, il fondatore dello stile Shito) e Chojun Miyagi (1888-1953, il fondatore dello stile Goju). Grazie a questa ed altre dimostrazioni, il gruppo guidato da Funakoshi ottenne, nel 1917, il primo invito nel Giappone Centrale, per l'esattezza a Kyoto, per dimostrare la propria Arte nel Butokuden, la "Sala dei virtuosi della guerra", in occasione di un Festival dedicato ai soli esperti di Arti marziali. La seconda grande occasione accadde nel 1921, quando Funakoshi venne chiamato a guidare una dimostrazione per il principe ereditario Hirohito (1901-1989) in visita ad Okinawa. Al termine della dimostrazione, Jigoro Kano, fondatore del Judo ed allora Ministro degli esteri, manifestò il proprio entusiasmo, invitando Funakoshi e il suo gruppo a presentarsi nel maggio del 1922 ai Giochi atletici nazionali, tenuti a Tokyo sotto l'egida del Ministero dell'Educazione al Festival della Gioventù. La prima dimostrazione pubblica di Tode fuori di Okinawa avvenne nel maggio del 1922 ai Giochi atletici nazionali che si dovevano tenere a Ochanomizu (Tokyo). Per quest'occasione, Funakoshi produsse qualcosa ad effetto: fece fotografare varie posizioni, Kata, movimenti di mani e di piedi ed ordinò queste immagini su tre lunghi rotoli. La dimostrazione fu un tale successo che egli, avendo programmato di tornare nella nativa isola subito dopo, posticipò il rientro su richiesta di J. Kano, il quale lo pregò di tenere una conferenza presso il suo Dojo, il Kodokan. Per l'occasione, Funakoshi scelse come partner Shinkin Gima, un Karateka di prim'ordine nativo di Okinawa allora studente alla Shoka Daigaku di Tokyo. In un primo momento si pensava che solo un ristretto gruppo di persone avrebbe partecipato a questa esecuzione, così grande fu lo stupore quando, al contrario delle aspettative, erano accorsi oltre un centinaio di spettatori. Al termine di questo appuntamento, J. Kano chiese a Funakoshi di insegnargli alcuni Kata basilari. Sentendosi onorato per la richiesta, Funakoshi accettò. Qualche mese dopo, mentre stava nuovamente preparandosi per rientrare alla sua isola natale, Funakoshi venne visitato dal noto pittore Hoan Kosugi. Questi gli spiegò che poco tempo prima aveva fatto visita ad Okinawa ed era rimasto affascinato dall'Arte marziale dell'isola ma, al suo rientro a Tokyo, non fu in grado di trovare alcun insegnante o manuale. Come aveva fatto il sig. Kano, anche Kosugi chiese a Funakoshi di rimanere più tempo a Tokyo, per poterlo istruire. Come ringraziamento, Kosugi dipinse per Funakoshi la celebre tigre dello Shotokan, asserendo di vedere nel Maestro uno spirito forte come quello della fiera dipinta.
Dopo questo incontro Funakoshi comprese che, se voleva veramente diffondere il Karate, lui era l'uomo adatto e Tokyo il luogo giusto. La conclusione fu che Funakoshi decise di rimanere per un lungo periodo nel Giappone Centrale. Abbandonato ogni indugio, scrisse alla moglie di raggiungerlo a Tokyo, ricevendo però da lei una negazione, poiché occorreva continuare a "servire la tomba degli avi". Dopo pochi mesi, Funakoshi pubblicò il suo primo libro tecnico: Ryu-Kyu kenpo: Karate. Sempre nel 1922, Funakoshi modificò i Kanji del termine Tode (唐手) con quelli di Karate jutsu (空手術), seguendo così l'innovazione effettuata anni prima in Okinawa dal vecchio amico Hanashiro Chomo (1869-1945), anch'egli allievo di Itosu.
I primi tempi di Funakoshi a Tokyo furono veramente duri. Giuntovi all'età di 54 anni, non chiese aiuto economico a nessuno dei suoi amici influenti: per mantenersi, dovette adeguarsi ad attività come guardiano di un romitorio per studenti, arrotondando con lezioni di calligrafia, per poter insegnare la sera la propria Arte marziale, gratuitamente, a pochi allievi. In seguito riuscì a svolgere l'attività di docente di letteratura presso un liceo a Meishojuku a Tokyo.
Il primo luogo d'insegnamento ottenuto da Funakoshi fu il Dojo Kodokan, lo stesso utilizzato da Jigoro Kano per i suoi studenti. Dopo un certo periodo, impressionato dalla potenza fisica e dalle doti tecniche dei primi allievi del Judo, Funakoshi rinunciò all'invito di rimanere ad insegnare in quest'organizzazione, per il timore che il giovane Karate venisse assorbito e divenisse un'arte di secondaria importanza. Fu così che, aderendo alla proposta dell'amico Hakudo Nakayama (1874-1958), allora ritenuto il migliore schermidore di Kendo del Giappone, Funakoshi ottenne di poter utilizzare il suo Dojo nelle ore libere. Dopo un po' di tempo questa sistemazione divenne inadeguata, poiché il numero degli allievi di entrambi i Maestri crebbe al punto di essere necessaria un'altra sistemazione.
L'insegnamento di Funakoshi a Tokyo si svolgeva tradizionalmente. Il Maestro Hidetaka Nishiyama (1928-2008), affermò che Funakoshi, all'inizio, non guardava i dettagli come facciamo oggi, ma dava semplici ordini e tutti cercavano di copiare alla benemeglio. Questo allenamento era basato prevalentemente sul Kata. Funakoshi, come molti Maestri di Okinawa, aveva lungamente sperimentato questo metodo ma già allora, come oggi, tale sistema veniva considerato troppo lungo ed irrazionale per la moderna gioventù di Tokyo.
Nel 1922, Hironori Ohtsuka (1892-1982), divenuto l'anno precedente il caposcuola della scuola di Ju-jitsu Shindo Yoshin-ryu, intraprese l'arte di Funakoshi, decidendo di dedicarsi totalmente ad essa. L'abilità di Ohtsuka era tale che, dopo pochi mesi d'allenamento specifico, divenne il primo aiutante Funakoshi. Negli anni seguenti, Ohtsuka fu la persona che, più di tutti, stimolò Funakoshi nel creare nuovi esercizi volti ad applicare le tecniche dei Kata. Nacquero così gli Yakusoku kumite, l'antesignano degli attuali Kihon kumite.
Nel 1924, Funakoshi riuscì a fondare la prima associazione di Karate presso l'università di Keio Gijuku. Nello stesso anno, a causa del terribile terremoto del Kanto, le lastre del suo libro andarono distrutte perciò, alla prima richiesta di ristampa, Funakoshi rispose modificando il titolo in Rentan goshin karate-jutsu, col sottotitolo di "rafforzamento della volontà e autodifesa attraverso le tecniche del Karate", sostituendo le immagini disegnate con molte fotografie.
il 1927 fu l'anno in cui Funakoshi riuscì a fondare un vasto numero di associazioni di Karate: accadde alle università Ichiko, alla Meiji, all'università imperiale, alla Waseda, alla Ichiko, alla Gakushuin, alla Takushoku, alla Chuo, alla Hosei, alla Sho-dai, alla Hitotsubashi, alla Senshu e al Collegio di medicina Nihon. Tutte queste scuole si trovavano a Tokyo. Occorre sottolineare che, mentre il Karate allenato alla Keio veniva svolto in modo raffinato e ingentilito, il gruppo sportivo dell'università Takushoku divenne il più famoso e preparato, in quanto l'allenamento veniva svolto con notevole sforzo fisico e psichico. Questa massima differenziazione fra i due gruppi che sfocerà in aperta concorrenza, rispettivamente nello Shotokai e nella JKA Shotokan, dipendeva già dalla classe sociale di appartenenza dei loro adepti. Infatti, per potersi iscrivere alla facoltà di Keio era indispensabile appartenere alla classe più agiata, al contrario della Takushoku, dedicata alle classi meno abbienti.
Contemporaneamente al fiorire dei nuovi gruppi, nello stesso anno iniziarono i problemi: Miki, Bo e Hirayama furono i primi allievi allontanati dal Maestro per aver applicato con altri compagni alcune tecniche di Kumite, utilizzando protezioni di Kendo e tecniche di Ju-jitsu senza l'autorizzazione del Maestro. Sul finire del 1929, Funakoshi allontanò anche Hironori Ohtsuka, il suo allievo prediletto, quando questi prese a creare esercizi che lo allontanavano sempre più dall'ortodossia del sistema originario di Funakoshi. Occorre sottolineare che questa esperienza giunse a costituire il nucleo sul quale Ohtsuka fondò, nel 1938, il Wado ryu, il primo stile di Karate nato sul suolo nipponico.
Nel periodo in cui Ohtsuka andava gradualmente allontanandosi, l'istruttore Takeshi Shimoda, il migliore tra gli studenti emergenti di Funakoshi, il quale si era reso disponibile per effettuare numerosi viaggi allo scopo di divulgare il Karate in altre città del Giappone, divenne il nuovo assistente del Maestro. Questi viaggi furono la conseguenza dell'apertura delle prime scuole di Karate, in risposta al trasferimento in provincia degli allievi che avevano terminato l'iter universitario. infatti quando Funakoshi era impegnato altrove, Shimoda era stato autorizzato ad insegnare in suo luogo. L'abilità di Shimoda era dovuta alla notevole esperienza che egli aveva maturato nell'ambito della scuola Nen-ryu di Kendo, oltre al Nin-jitsu. Nel 1934, terminò anche quest'incantesimo, cioè quando Shimoda si ammalò gravemente poco dopo una dimostrazione eseguita col Maestro e morì in meno di un mese. Il suo posto venne preso da Gigo, il terzogenito di Funakoshi (secondo la grammatica giapponese, ogni nome può essere letto in due modi; per questo motivo Gi-go veniva alle volte nominato Yoshi-taka, altrettanto come il cognome Funa-koshi può essere letto Tomina-koshi). Occorre comprendere che, secondo le consuetudini giapponesi, il Maestro possedeva da tempo il desiderio di porre alla guida della sua Scuola uno dei propri figli. Disilluso per il disinteresse del suo primogenito, Funakoshi colse in Gigo, il più giovane dei suoi tre figli maschi e sebbene minato dalla tubercolosi sin dall'infanzia, il fervore per il futuro della Scuola. Fu così che, nel 1927, Gigo raggiunse il padre a Tokyo perché potesse approfondire l'addestramento recatogli dalla madre. Ancora quindicenne, Gigo raggiunse Tokyo dove, dopo un primo periodo trascorso come apprendista carpentiere, ottenne il diploma di tecnico radiologo, e trovò occupazione presso un ospedale di Tokyo.
Nel 1935, Funakoshi pubblica: Karate-do kyohan, libro che delinea definitivamente il suo sistema stilistico. Nell'ultima edizione di questo libro, Funakoshi prese a prestito il Jintai-kyusho, i punti vitali attraverso i quali è possibile vulnerare incisivamente un avversario dal Bubishi, un libro allora ritenuto segreto. Nello stesso anno, un comitato di "amici del Karate", iniziò a raccogliere fondi per aprire un Dojo di Karate a Tokyo. Nella primavera del 1936, Gichin Funakoshi mise piede per la prima volta nella nuova sede che, nel 1938, venne battezzata col nome Shoto-kan (松濤館, lett. "Sala di Shoto"). Questo nome era stato scelto perché Shoto (松濤, letteralmente "Onde di pino") era lo pseudonimo con cui Funakoshi firmava le sue liriche letterarie giovanili. Egli aveva scelto questo epiteto perché Shuri, la sua città natale, era circondata da una serie di colline ricche di foreste di pini e di vegetazione sud tropicale. Quand'era libero dagli impegni, Funakoshi era solito passeggiare lungo il monte Torao (lett. "Coda di tigre" ) e rilassarsi, ascoltando il fruscio del vento che soffiava tra gli aghi di pino. Dopo diversi anni di allenamento, Funakoshi si rese conto della natura filosofica della disciplina. E l'atto di ascoltare il vento fischiare tra le fronde sembrava il modo ideale per raggiungere quel vuoto nella mente di cui il Karate necessita. Il termine Shoto-kai (松濤会, lett. "Associazione Shoto"), invece, venne coniato per indicare le associazioni di Karate subordinate all'insegnamento di Funakoshi. In questo periodo, gli allievi di Funakoshi, entrando in contatto con gruppi di Karate guidati da altri Maestri, iniziarono a chiedere di qualificare più precisamente quale fosse il loro tipo di Karate. Fu così che, domandando al'anziano Maestro quale stile di Karate praticassero, egli semplicemente citava i termini Shorin ryu (松林流, letteralmente "Stile della Piccola foresta") o Shorei ryu (昭霊流, lett. "Stile dell'Illuminazione"), a seconda che traesse ispirazione dalle tecniche di un Kata o un altro. A causa di queste risposte che molti allievi ritenevano incomplete e fuorvianti alcuni di loro presero ad affermare di praticare lo stile Shotokan. L'associazione Shotokai (Nihon Karate-do Shoto-kai) nacque nel 1936 allo scopo di aiutare materialmente il vecchio Maestro nell'insegnamento. Di fatto, i suoi associati costituivano il 90% dei praticanti di karate di tutto il Giappone Centrale prima della guerra. Nel 1937, numerose associazioni di Karate di Okinawa aderirono alla associazione delle Arti Marziali del Giappone. E' in questo periodo che Funakoshi redasse i Venti precetti da seguire nella sua scuola (Shoto nijukun).
Dopo il 1930, su richiesta dell'anziano padre, Yoshitaka Funakoshi (1906-1947) iniziò a sostituirlo. Prima iniziò presso l'università Waseda e poi, nel 1936, fondato il Dojo Shotokan, il vecchio Maestro lasciò gradualmente la direzione al figlio.
Tra il 1939 e il 1943, sotto la direzione di Yoshitaka, Genshin Hironishi, Takeshi Shimado e Shigeru Egami nacque uno stile completamente nuovo. Gli allievi più anziani di Gichin Funakoshi si lasciarono guidare dal giovane Yoshitaka, modificando le basi dello Shuri-te mediante l'introduzione di tecniche provenienti dalla boxe inglese, calci circolari, protezioni ecc. ma, soprattutto, per l'introduzione di un metodo che non si riscontra in alcun altro stile di Karate oggi conosciuto. Questo cambiamento avvenne in seguito ad un confronto avvenuto ad Osaka tra Yoshitaka ed i suoi allievi con un gruppo di esperti di Goju-ryu. Usciti sconfitti da questa esperienza, Yoshitaka prese la decisione di inserire nell'allenamento il jiyu kumite, il combattimento libero. Occorre ricordare che, in questo periodo, il Giappone si trovava in guerra contro la Cina e che le prospettive di vita erano minime: Morire a vent'anni" è un motto molto radicato nei giovani nipponici dell'epoca. Dunque, l'atteggiamento di ricerca dell'efficacia nel combattimento sportivo, a discapito delle reali tecniche di autodifesa e degli aspetti salutari inclusi nella pratica dei Kata, iniziò a scavare un fossato tra Yoshitaka e il padre. Riportiamo un discorso di Gichin Funakoshi a uno degli adepti: " Capisco che non siate soddisfatti dei Kata e degli esercizi convenzionali di combattimento ma questo dipende da una vostra mancanza di approfondimento dell'arte. Nel Karate, inteso come Budo, la pratica del combattimento significa "combattimento a morte". Quali che siano le armature che metterete a punto, il Karate come competizione vi farà perdere la via". In questo senso, il Karate Shotokan che conosciamo noi oggi, per certi suoi aspetti, è più simile a quello praticato da Yoshitaka che non a quello del padre.
Da un punto di vista gestuale, Yoshitaka introdusse una maggiore ampiezza nelle posizioni ed una esecuzione più dinamica, spingendo ogni gesto quasi fino al limite e con un notevole dispendio energetico. Secondo alcune ipotesi, questo stile deriva direttamente dalla scuola di Sokon Matsumura, la quale ha forti rassomiglianze con i principali stili Shaolin settentrionali del secolo XV, derivati dello Xing i chuan e dell'antico Chang chuan. Nel 1943, Funakoshi pubblicò Karate-do nyumon, il suo ultimo testo tecnico.
Nel marzo del 1945, l'anno più buio della storia giapponese, il Dojo Shotokan venne raso al suolo in seguito al fatidico bombardamento su Tokyo. Pochi mesi dopo, a causa della leucemia, perì anche Yoshitaka. In seguito a questi avvenimenti, gli assistenti Shigeru Egami e Genshin Hironishi assunsero la direzione della scuola, poiché Funakoshi tornò ad Okinawa, raggiungendo ciò che era rimasto della propria famiglia dopo ventitre anni di assenza. Sulla base dello stile transitorio, esercitato nella scuola Shotokan, in questo periodo le scuole Shotokan-ryu e Shoto-kai andarono sempre più allontanandosi. Sebbene molti esperti riconoscano che le basi di queste scuole siano state create da Yoshitaka, molti dubitano che il terzogenito di Funakoshi abbia creato questo stile senza l'intervento del padre. Yoshitaka, a causa della malattia, modificò sostanzialmente molte cose e il padre, sebbene fosse in aperto contrasto col figlio per le molte innovazioni, lo lasciò fare. Probabilmente lo stesso anziano Maestro andava convincendosi che il suo lavoro di introduzione in Giappone all'arte di Okinawa era ormai superato. L'etica nel karate (do) e la tradizione guerriera del Budo furono i capisaldi importati dal pioniere Funakoshi, capisaldi gradualmente abbandonati a discapito della pratica di massa che andava orientandosi verso la visione sportiva, spettacolare ed economica. Nel 1947, la moglie di Funakoshi morì. Fu a questo punto che Funakoshi decise di rientrare a Tokyo, dove rimase fino alla fine dei suoi giorni.
Nel 1949, Isao Obata, allievo di lungo corso di Funakoshi fondò l'Associazione Giapponese di Karate (Nihon Karate-do Kyokai, conosciuta in Occidente come Japan Karate Association), nominando Gichin Funakoshi quale Capo istruttore. L'idea iniziale era quella di aiutare il Maestro nello sviluppo del Karate-do e di costituire un'associazione che includesse tutti i gruppi che praticavano quest'Arte marziale, ma ciò non accadde. Accadde piuttosto che alcuni tra i migliori allievi di Funakoshi come Shigeru Egami e Genshin Hironishi non presero parte a questa associazione.
Tra la fine degli anni '40 e l'inizio degli anni '50 si ebbero le prime incomprensioni all'interno della NKK, dovute soprattutto all'idea di "commercializzazione" il Karate. Quindi, i più illustri maestri si separarono dalla NKK, che finì nelle mani dell'università Takushoku. Nel 1951, lo stile Shotokai si riunì e si presentò come una associazione vera e propria verso il 1956. I Fondatori Gichin Funakochi, Shigeru Egami e Genshin Hironishi, avevano l'obiettivo di preservare il karate, così come era nato, a differenza di altri che preferivano perfezionare solo il gesto atletico.
Nel settembre del 1956, Funakoshi pubblicò: Karate-do il mio stile di vita, la sua autobiografia. Le contraddizioni in seno alla scuola scoppiarono il 26 aprile 1957, data in cui il Maestro Funakoshi morì. Lo Shotokai si preoccupò dell'organizzazione del Funerale, al quale la NKK non assistì. La Famiglia lasciò in eredità tutti i documenti del maestro e il Dojo Shotokan all'associazione Shotokai. Shigeru Egami e Genshin Hironishi assunsero la direzione dello Shotokai.