Sebbene non esistano sufficienti riferimenti storici a riguardo, la nascita della terapia Qi-gong si ritiene antecedente a quella dell'agopuntura, la quale fa riferimento all'imperatore Giallo Huang-di e registrata nel libro Neijing Suwen, il "Classico di medicina interna" a lui attribuito.
Nel corso dei millenni, la disciplina del Qi-gong ha contato innumerevoli Maestri che ne hanno permesso la crescita e lo sviluppo. Molti testi e manoscritti sono stati scritti su questo argomento anche se molti di essi, purtroppo, sono andati perduti: qui di seguito ne elenchiamo alcuni tra i più famosi.
Il più antico e famoso documento sul Qi gong è quello rinvenuto nel 1973 nella tomba del re Ma, vicino alla città di Changsha, la capitale di Hunan; si tratta del Mawang-dui o Daoyin-tu (lett. "la Mappa del Daoyin"). Questa mappa risale all'incirca al 168 a.C. ed è stata disegnata su di un pezzo di seta alto circa cinquanta centimetri e lungo cento. Contiene le più antiche raffigurazioni del Qi-gong che rappresentano 44 diversi esercizi respiratori e ginnici atti alla preservazione della salute; molti di essi possiedono dei nomi di animali, mentre altri risultano associati a prescrizioni di tipo terapeutico.
Un'altro testo sul Qi gong di enorme importanza è il Zhouyi Cantongqi (lett. "Triplice conformità secondo i mutamenti degli Zhou"), scritto da Wei Boyang intorno al 142 d.C., il quale elenca una serie di interessanti pratiche e profonde teorie filosofiche su questa materia. Si parla infatti di simbolismo dello Yi-jing abbinato con la pratica dell'alchimia Taoista, grazie alla quale tecnica sarebbe possibile controllare le varie fasi di trasformazione del Soffio vitale. Questo testo parla dello studio sul potere del respiro e sulle sue modificazioni all'interno del corpo, rappresentato appunto con i famosi Pa-kwa (lett. "Otto trigrammi") che si combinano tra loro, spesso usati anche per descrivere la circolazione del Qi. Inoltre, Wei Boyang parla di infusi e pozioni erboristiche connesse con la pratica alchemica esterna (Weidan) e di esercizi meditativi e respiratori atti alla produzione da parte del corpo del prezioso "nettare d'oro" appartenente invece alla pratica alchemica interna (Neidan). Wei Boyang ideò anche la famosa legge della corrispondenza tra direzione e Qi, la quale consiglia che il praticante di Qi gong si rivolga verso specifiche direzioni cardinali, in base alla qualità di energia necessaria in quel momento. Egli era solito affermare che "un buon praticante di Qi-gong si alza sempre presto al mattino e si rivolge verso est per risvegliare il proprio fegato prima di iniziare la pratica". Wei inoltre era convinto che una mente calma, una pratica assidua e costante e uno stato di rilassamento durante gli esercizi di Qi-gong sarebbero stati in grado di far scorrere il Qi in ogni parte del corpo e avrebbero prodotto, nell'arco di pochi anni, il famoso "Elisir d'oro".
Anche il filosofo Zhuangzi tratta delle tecniche di respirazione nel suo libro Nanhua Zhenjing (lett. "Trattato della città di Zhenjing"). Qui registrò che: "gli uomini antichi sapevano respirare dai talloni e condurre in alto ed in basso il soffio". Questa enunciazione si riferisce alla "Grande circolazione celeste" che costituisce l'insegnamento evoluto nei corsi di Qi-gong.
Altre importanti opere sono il Baopuzi Neipian (lett."il Maestro che abbraccia la semplicità") di Ge Hong, scritto nel 320 d.C., oppure il Yang Xing Yan Ming Lu (lett. "Registrazione sulla coltivazione della natura e del prolungamento della vita") scritta tra il 456 e il 536 d.C. da Dao Hong-jing, opera che contiene interi capitoli dedicati al Daoyin sulla dietetica e sulla sessualità. Un'ulteriore opera di grande importanza fu certamente il Qianjin Yaofang (lett. "Le preziose formule mediche") scritte intorno al 581-682 d.C. dal famoso medico Sun Simiao, dove si consigliano vari esercizi di Qi-gong, tecniche ed erbe, per prolungare e migliorare la salute.
Verso la fine della dinastia Han, un famoso medico di nome Hua Tuo (141 – 203 d.C.) creò il famoso Wuqinxi (lett. "Forma dei cinque animali"), aventi lo scopo di migliorare la salute e le capacità fisiche del praticante. I cinque animali descritti sono: la scimmia, l'orso, il cervo, la gru e la tigre. Hua Tuo però non creò dal nulla questi esercizi, ma li ideò da vecchi manoscritti, rielaborando un antico metodo Taoista chiamato Zhuan Jin che aveva lo scopo di generare la circolazione dell'energia a livello locale attraverso dei movimenti di indirizzo Waidan.
Sempre intorno a questo periodo e precisamente tra il 284 d.C. e il 364 d.C., il già menzionato filosofo e medico Ge Hong, integrerà la pratica delle Arti marziali con gli esercizi respiratori Qi-gong nel tentativo di potenziare l'energia del praticante. Attraverso l'unione dei movimenti al respiro, Ge Hong insisteva molto sull'importanza del lavoro "interno" allo scopo di migliorare quello "esterno". Molte delle opere citate sono comprese nel famosissimo Canone Taoista Dao Zang, una collezione letteraria di oltre 1200 capitoli che contiene moltissimi testi sulle varie metodologie del Qi-gong ed altre informazioni basate sulla medicina interna, sulla dietetica e sopratutto sulle tecniche di meditazione Qi-gong. Questo preziosissimo testo possiede una storia lunga e complicata. Si afferma che una prima parte fu scritta da un monaco Taoista intorno al 471 d.C., il quale la compose in circa 1200 capitoli, nei quali si fa sempre riferimento al Daodejing e in ognuno dei quali si parla delle varie pratiche per la preservazione della vita e per raggiungere l'immortalità.
Intorno al 748 d.C., l'Imperatore Tang Xuan Cong fece riscrivere nuovamente il Canone Taoista da alcuni studiosi, i quali, dopo aver effettuato molte ricerche, portarono l'originale testo di 1200 capitoli ad oltre 7300, stravolgendo quasi del tutto il testo originale. Quest'opera divenne nota come il "Secondo Canone Taoista". Intorno al 1016 d.C., durante la dinastia Song, il Canone Taoista venne nuovamente modificato e lo stesso fatto intorno al 1444 d.C., dove venne ridotto a 5318 titoli.
Come si può intuire, l'arte del Qi-gong possiede radici molto antiche, la cui nascita si deve allo sforzo di grandi personaggi Taoisti, Buddisti, Confuciani ecc. che, da sempre dediti alla ricerca interiore e alla comprensione della vita e di quanto la circonda, riuscirono ad intuire e creare questa meravigliosa disciplina.
Oggi in Cina si contano più di 3000 varietà di Qi-gong suddivisi in almeno cinque gruppi di appartenenza: taoista, buddista, confuciano, Qi-gong medico e quello marziale con oltre 70 milioni di praticanti in tutta la nazione.